Chúa Nguyễn

Trong thời kỳ này, nhiều dân Việt ở Đàng Trong bỏ dải đất miền Trung khắc nghiệt, vào khai khẩn đất làm ruộng ở Bà Rịa, Đồng Nai, Sài Gòn vốn là đất của Chân Lạp, nhưng không gặp phản kháng gì đặc biệt.

Năm 1623, chúa Nguyễn Phúc Nguyên nhân quan hệ hữu hảo với vua Chân Lạp Chey Chetta II (cha vợ – con rể), đã mượn vùng đất Prey Nokor (Sài Gòn ngày nay) của Chân Lạp đặt trạm và quan chức thu thuế lưu dân Việt đang sinh sống xung quanh ở Sài Gòn, Đồng Nai, Bà Rịa

Năm 1658, vua nước Chân Lạp mất, nội bộ nước Chân Lạp lục đục vì tranh giành ngôi. Chúa Nguyễn Phúc Tần đã giúp một hoàng thân Chân Lạp là Barom Reachea VIII lên ngôi, đáp lại vị vua mới của Chân Lạp đã ký hiệp ước triều cống chúa Nguyễn hàng năm và cho phép người Việt được làm chủ vùng đất đã khai hoang ở Sài Gòn, Đồng Nai, Bà Rịa. Tại khu vực này lưu dân Việt sinh sống ngày càng đông đúc, chúa Nguyễn đã phải cử một đội quân mạnh để giữ gìn an ninh cũng như đặt các quan cai trị và thu thuế.

Năm 1679, có quan nhà Minh gồm Dương Ngạn Địch và phó tướng Hoàng Tiến là Tổng binh Trấn thủ đất Long môn (Quảng Tây - Trung Quốc), Trần Thượng Xuyên và phó tướng Trần An Bình là tổng binh châu Cao, Lôi, Liêm (Quảng Đông - Trung Quốc) không chịu làm tôi nhà Thanh, đem 3.000 người cùng 50 chiếc thuyền sang xin ở làm dân Đại Việt. Chúa Nguyễn Phúc Tần nhân muốn khai khẩn đất Chân Lạp, bèn cho vào ở đất Đông Phố (Gia Định). Những người này cùng với những lưu dân người Việt định cư trước đó đã chia nhau ở đất Đồng Nai, Biên Hòa, Mỹ Tho (Tiền Giang), cày ruộng, làm nhà, lập ra phường phố, có người phương Tây, Nhật Bản, Chà Và đến buôn bán khá đông.

Năm 1698, chúa Nguyễn Phúc Chu sai Nguyễn Hữu Cảnh làm kinh lược đất Chân Lạp. Ông chia đất Đông Phố ra làm dinh, làm huyện, lấy Đồng Nai làm huyện Phúc Long và Sài Gòn làm huyện Tân Bình. Ông đặt Trấn Biên dinh (Biên Hòa), đất Trấn Biên thì lập làm xã Thanh Hà, và Phiên Trấn dinh (Gia Định), đất Phan Trấn thì lập làm xã Minh Hương, rồi sai quan vào cai trị. Chúa Nguyễn lại chiêu mộ thêm những người lưu dân từ Quảng Bình trở vào để lập ra thôn xã và khai khẩn ruộng đất, những người Việt và Tàu ở đây đều thuộc về sổ bộ nước Việt của chúa Nguyễn. Năm 1699 vua Nặc Thu của Chân Lạp tổ chức một cuộc phản công nhằm giành lại nhưng bị thất bại.

Mạc Cửu, một người gốc Quảng Đông, khi nhà Thanh diệt nhà Minh đã cùng gia quyến bỏ sang Chân Lạp năm 1680 khai khẩn và cai quản 7 xã gồm toàn lưu dân, gọi là Hà Tiên, Mạc Cửu mở rộng đất đai của mình gồm vùng đất Hà Tiên, Rạch Giá, Phú Quốc khi đó đang thuộc Chân Lạp nhưng Chân Lạp không kiểm soát được.

Năm 1708, để tránh áp lực thường xuyên của Xiêm La sang cướp phá, Mạc Cửu đã dâng đất khai phá xin nội thuộc về chúa Nguyễn Phúc Chú, chúa Nguyễn đổi tên thành Trấn Hà Tiên, phong cho Mạc Cửu làm chức Tổng binh, cai quản đất Hà Tiên. Khi Mạc Cửu mất, con là Mạc Thiên Tứ lại được làm chức đô đốc, tiếp tục cai quản Hà Tiên. Mạc Thiên Tứ đắp thành, xây lũy, mở chợ, làm đường và đưa người về dạy Nho học để khai hóa đất Hà Tiên.

Từ năm 1735 – 1739, Mạc Thiên Tứ mở rộng đất đai kiểm soát của mình sang bán đảo Cà Mau, Bạc Liêu, Hậu Giang, Cần Thơ. Đưa thêm các vùng đất mới này vào Trấn Hà Tiên thuộc lãnh thổ Đàng Trong

Năm 1732, chúa Nguyễn Phúc Chú tiến chiếm vùng đất ngày nay là Vĩnh Long, Bến Tre, dựng dinh Long Hồ trực thuộc phủ Gia Định

Năm 1755, biết vua Chân Lạp là Nặc Nguyên thông sứ với chúa Trịnh ở ngoài Đàng Ngoài để lập mưu đánh chúa Nguyễn, chúa Nguyễn Phúc Khoát sai Nguyễn Cư Trinh sang đánh Nặc Nguyên. Năm 1756, Nặc Nguyên thua bỏ thành Nam Vang chạy sang Hà Tiên nhờ Mạc Thiên Tứ, rồi xin dâng hai phủ Tầm Bôn và Lôi Lạp (nay là Tân An và Gò Công) cho chúa Nguyễn để cầu hòa.

Năm 1757, Nặc Nguyên mất, chú họ là Nặc Nhuận dâng hai phủ Trà Vinh và Ba Thắc (Sóc Trăng) xin chúa Nguyễn Phúc Khoát phong cho làm vua Chân Lạp. Sau đó Nặc Nhuận bị người con rể là Nặc Hinh giết và cướp ngôi. Quan tổng suất là Trương Phúc Du thừa kế sang đánh thắng Nặc Hinh. Chúa Nguyễn cho lập Nặc Tôn (Outey II) [5], con Nặc Nhuận vốn đang nương nhờ Mạc Thiên Tứ ở Hà Tiên trong lúc hoạn nạn làm vua Chân Lạp. Nặc Tôn dâng đất Tầm Phong Long (vùng đất nằm giữa Sông Tiền và Sông Hậu tương ứng với Châu Đốc, Sa Đéc) để tạ ơn chúa Nguyễn. Đất miền nam Việt Nam bây giờ thì trước đó là đất của Chân Lạp, tuy nhiên trước đó thì Chân Lạp lại là kẻ chiếm đất của Phù Nam đã từng tồn tại từ khoảng thế kỷ 1 đến thế kỷ 7 tại đồng bằng sông Mekong.

Nặc Tôn lại dâng 5 phủ là Hương Úc, Cần Bột, Trực Sâm, Sài Mạt, Linh Quỳnh để tạ ơn riêng Mạc Thiên Tứ, Mạc Thiên Tứ đem những đất ấy dâng chúa Nguyễn, chúa cho thuộc về trấn Hà Tiên cai quản, 5 phủ này về sau khi Pháp thành lập Liên bang Đông Dương đã cắt trả về cho Cao Miên, ngày nay là 2 tỉnh Takéo và Kampot.